เนื้อเรื่องMegaman Zero 3-4

[เสียงระฆังกังวานขึ้นเป็นฉากหลังเสมือนว่าประวัติศาสตร์หน้าใหม่ใกล้จะถูกกล่าวขาน]


หลังจาก เซโร่ เรพลิลอยด์ในตำนานตื่นจากการหลับใหลอันยาวนาน เซโร่พร้อมกับเชลและกองกำลังต่อต้าน ได้เอาชนะเนโออาร์คาเดียซึ่งปกครองโดยโอเมก้าเอ็กซ์(ก๊อปปี้เอ็กซ์)... ความน่าสะพรึงกลัวของ เนโออาร์คาเดียก็หมดไป แต่บัดนี้ภาวะขาดแคลนพลังงานได้ส่งผลกระทบต่อทุกชีวิต... เชลทำการค้นคว้าเพื่อหาแหล่งพลังงานใหม่...ขณะเดียวกัน เอลปิส ได้รับเลือกเป็นผู้บัญชาการคนใหม่ อย่างไรก็ตาม... ไม่มีใครรู้ว่าจริงๆ แล้ว เอลปิส กำลังตามหาพลังที่ครั้งหนึ่งเกือบทำลายล้างโลกทั้งโลก...มันคือพลังของ ดาร์คเอลฟ์. หลังจากการต่อสู้ที่ซึ่ง เอลปิส พ่ายแพ้ให้กับพลังของดาร์คเอลฟ์, เซโร่หยุดยั้งเขาไว้ได้แต่ ดาร์คเอลฟ์ ก็ได้บินหนีไปที่ไหนสักแห่ง... สงคราม ที่เกี่ยวเนื่องกับ ดาร์คเอลฟ์ ยังไม่จบสิ้น...